1- امور پژوهشی
فعالیت های پژوهشی حقوق بشر در کمیسیون معمولا از سه زاویه انجام میشود: حقوق بشر از نگاه منابع اسلامی، حقوق بشر در نظام حقوقی ایران و حقوق بشر از منظر موازین بین المللی. هم چنین در فعالیت های پژوهشی کمیسیون همواره این دغدغه و نگاه کاربردی وجود دارد که یک مشکل و مسئله پیش رو حل شود یا به حل و رفع آن کمک شود. در همین چارچوب ، معمولا طرح های پژوهشی یا اظهار نظرهای علمی مشورتی کمیسیون خطاب به نهادهای رسمی یا همکاریهای علمی پژوهشی با دیگر نهادهای داخل ایران یا نهادهای تخصصی دیگر کشورها انجام می پذیرد.
نیروی انسانی دخیل در فعالیت های پژوهشی کمیسیون در درجه اول اساتید و نخبگان دانشگاهی و حوزوی هستند که به صورت افتخاری در فعالیت های علمی کمیسیون مشارکت می کنند و در کنار آنها نیز دانش پژوهان جوان که معمولا دانشجوی کارشناسی ارشد یا دکترا یا طلاب سطح 3 و4 (معادل ارشد ودکترا) می باشند، حضور دارند.
خروجی فعالیتهای پژوهشی در کمیسیون، متنوع است که تقسیم بندی آن را در فهرست عناوین خروجی های انتشارات کمیسیون می توان ملاحظه کرد.

2- امور آموزشی
فعالیت های آموزشی تخصصی کمیسیون توسط این واحد انجام میشود. برنامه های آموزشی کمیسیون به شکلهای مختلف اجرایی می گردد. برخی از آنها ویژه مراجع رسمی و نهادهای عمومی یا سازمانهای غیردولتی جامعه مدنی است، برخی دوره های آموزشی ویژه دانش پژوهان دانشگاهی و حوزوی و بعضی از برنامه ها نیز برای عموم مخاطبان علاقمند به موضوع است. قالب فعالیت های آموزشی نیز متنوع است اعم از ارائه متون و محتواهای مکتوب آموزشی ، اجرای دوره های آموزشی حضوری یا مجازی ، ارائه وسائل و ابزارهای سمعی وبصری آموزشی در موضوعات مختلف حقوق بشر.

3- امور ترویجی
فعالیت های این بخش متمرکز بر تولید محتواها و ابزارهایی است که به صورت ساده و عامه پسند مفاهیم حقوق بشر را در سطح ملی یا جهانی ترویج دهد. کلیپ، پوستر، موسیقی، نقاشی و طراحی ، داستان ، شعر و ادبیات، انیمشن، کاریکاتور از جمله خروجی های این بخش است که برای ترویج حقوق بشر ارائه می گردند. هنرمندان یا کارشناسان آشنا با تخصص های مورد نیاز در فعالیت های ترویجی می توانند به صورت افتخاری با این بخش کمیسیون همکاری کنند.

4- کتابخانه ومرکز اسناد حقوق بشر
در دفتر مرکزی کمیسیون کتابخانه و مرکز اسناد وجود دارد که حاوی بیش از 20 هزار منبع تخصصی به زبان های فارسی، انگلیسی وعربی است. عموم دانش پژوهان می توانند از کتابخانه کمیسیون بهره مند شوند.

5- انتشارات
خروجی های امور پژوهشی ،آموزشی و ترویجی کمیسیون که قابل ارائه برای عموم باشد از سوی واحد انتشارات عرضه می گردد. در سایت حاضر این امکان فراهم شده تا مخاطبان بتوانند بسیاری از خروجی های منتشر شده را به صورت رایگان ملاحظه و مورد بهره برداری قرار دهند.